Η Κλινική διαθέτει Μονάδα Ενδοσκοπήσεων πεπτικού με αίθουσες διαγνωστικών και θεραπευτικών ενδοσκοπήσεων ανωτέρου και κατωτέρου πεπτικού (όπως πολυποδεκτομές, ενδοσκοπική θεραπεία κιρσών, αιμοστάσεις, καυτηριασμοί, τοποθέτηση ενδοπροσθέσεων πεπτικού, διαστολές στενώσεων πεπτικού, διαστολές σε αχαλασία οισοφάγου κλπ.) και διενεργεί ενδοσκοπικές παλίνδρομες χολαγγειοπαγκρεατογραφίες (ERCP) σε αίθουσα του Ακτινολογικού Τμήματος. Επίσης, διενεργεί εντεροσκοπήσεις με εντεροσκόπιο ή με κάψουλα λεπτού εντέρου.
Ενδεικτικά, κατά τη διάρκεια της πενταετίας 2013-2018 (1/5/2013-30/4/2018) έγιναν